行政院於2004年3月18日核定，並於2005年1月開始營運，高雄港自由貿易港區東距小港高雄國際機場3公里，各貨櫃中心聯外道路均鄰接省道台17線、中山高、國道10號、國道3號等，串成便捷之交通網。
自由貿易港區之特色與優勢可分為四大面向，包括營運面、效率面、成本面及服務面，分述如下： |
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| 允許自由港區事業可從事貿易、倉儲、物流、貨櫃（物）之集散、轉口、轉運、承攬運送、報關服務、組裝、重整、包裝、修理、裝配、加工、製造、檢驗、測試、展覽或技術服務共19種多樣態業務，另業者可以分公司、辦事處或營運部門等形態進駐港區營運，增加了業者競爭力。 |
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| 貨物控管、電腦連線通關及帳務處理等作業，均以自主管理方式進行，形成了低度行政管制及高度自主管理模式。通關模式原則採免審查免檢驗方式進行，國內課稅區與保稅區間之貨物流通採行按月彙報制度，以提高流通效率。外籍商務人士可辦理「選擇性落地簽證」，以簡化其入境作業。 |
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僱用外國勞工核配比例提高至40％。對於租稅優惠則提供國外運入自由港區之貨物、機器設備，免徵關稅、貨物稅、營業稅、推廣貿易服務費及商港服務費等相關稅費。
國內課稅區或保稅區銷售與自由港區事業供營運之貨物、機器設備或勞務適用營業稅零稅率。另外國營利事業自行申設或委託自由港區事業於自由港區內從事貨物儲存與簡易加工，並將該外國營利事業之貨物售與國內、外客戶者，其所得免徵營利事業所得稅。 |
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| 由交通部成立「自由貿易港區跨部會推動小組」負責審議自由貿易港區發展政策及劃設案件，並協商跨部會事項；另各自由港區管理機關則成立「自由貿易港區工作小組」，除提供類似單一窗口之行政服務外，並負責協調處理該自由港區相關業務。 |
| / 資料來源：交通部。 |
